Jede installierte Anwendung erhält auf dem U3-Stick ein gesondertes Verzeichnis, das nochmals in das eigentliche Programmverzeichnis sowie in einen Datenordner unterteilt ist. Nach Beenden der Applikation läuft ein so genannter Cleanup-Prozess, der die restlichen Daten vom Gastrechner entfernt. In Sachen Sicherheit bietet U3 einen Zugriffsschutz auf Daten und Anwendungen per Passwort in Verbindung mit einer 128-Bit-Verschlüsselung. Eine integrierte Backup-Funktion offeriert U3 nicht, diese Aufgabe übernehmen optionale Tools.
Von all dem bekommt der Benutzer relativ wenig mit, er sieht lediglich das Launchpad als Benutzeroberfläche und kann darüber alle Einstellungen sowie Software-Installationen vornehmen.