Zweites Standbein und soziale Projekte im Aufschwung der 60-er Jahre
Ab 1965 baute er mit der ECE ein weiteres Erfolgsunternehmen auf - wirtschaftlich und personell völlig unabhängig vom Versandhandelsunternehmen OTTO. Heute ist die ECE die bedeutendste Entwicklungs-, Bauträger- und Managementgesellschaft für Einkaufscenter in Europa. Die ECE entwickelt und baut neben Shopping-Centern große Bürohäuser, Logistikzentren und sonstige gewerbliche Großimmobilien - stets mit dem Ziel, einen wirkungsvollen Beitrag zur Belebung der Innenstädte sowie der behutsamen Stadterneuerung zu leisten. Im Jahr 2000 übernahm Werner Ottos jüngster Sohn Alexander Otto die Führung der ECE.
Bereits 1962 wagte Werner Otto den Sprung nach Nordamerika und erschloss in Kanada Industrieparks und Wohngelände. Ab 1973, im Alter von über 60 Jahren, begann er mit dem Aufbau einer US-amerikanischen Immobiliengruppe, der Paramount Group in New York.
Um gezielt und wirkungsvoll helfen und menschliche Not lindern zu können, gründete er 1969 die "Werner Otto Stiftung". Diese medizinische Stiftung springt insbesondere dort ein, wo der Staat aus finanziellen Gründen nicht oder nicht schnell genug Gelder zur Verfügung stellt. Ein wichtiges Projekt der "Werner Otto Stiftung" ist das wissenschaftliche Behandlungszentrum für Krebskrankheiten im Kindesalter an der Universitätskinderklinik in Hamburg-Eppendorf, das zahlreichen leukämiekranken Kindern das Leben gerettet hat. Für hervorragende wissenschaftliche Leistungen wird alle zwei Jahre der Preis der "Werner Otto Stiftung" zur Förderung der medizinischen Forschung an in Hamburg tätige Forscher und Ärzte verliehen.
Angeregt durch einen Bericht des Kinderarztes der Familie über hervorragende Heilungserfolge bei Kindern in den USA gründete Werner Otto 1974 das "Werner Otto Institut" auf dem Gelände der Stiftung Alsterdorf in Hamburg - die erste und bisher einzige Spezialeinrichtung Norddeutschlands, die sich ausschließlich der Früherkennung und Behandlung entwicklungsgestörter oder behinderter Kinder und Jugendlicher widmet. Seit 1996 gibt es außerdem das "Werner Otto Stipendium zur Förderung des medizinisch-wissenschaftlichen Nachwuchses an der Universität Hamburg". Im "Werner Otto Haus" in Berlin lernen hörbehinderte Kinder und Jugendliche nach einer so genannten Cochlear-Implant-Operation wieder hören.
Dem Prinzip gelebter gesellschaftlicher Verantwortung wurde Werner Otto auch auf anderen Gebieten gerecht. Der amerikanischen Harvard-Universität stiftete Otto einen Museumsneubau für die Unterbringung der Kunst deutschsprachiger Expressionisten, die "Werner Otto Hall".
In seinem Geburtsort Seelow, wo am Kriegsende die letzten schweren Kämpfe tobten, ließ Werner Otto den Kirchturm wieder aufbauen und das Kirchenschiff erneuern. In Potsdam wurde dank Ottos Unterstützung das Belvedere auf dem Pfingstberg restauriert und zu neuem Leben erweckt. Das Konzerthaus Berlin erhielt von ihm eine zusätzliche moderne Bühne. In Hamburg unterstützte Otto die Neugestaltung des Jungfernstiegs.