1. Beschränkung auf technische Bereitstellung
Für viele SharePoint-Projekte übernimmt die IT-Abteilung das Projektmanagement und implementiert die Plattform, ohne dabei die Fachbereiche oder die Unternehmenskommunikation einzubeziehen. Das SharePoint-Projekt erfährt in diesen Fällen keinerlei oder nur wenig Unterstützung durch die Unternehmensführung. Als Konsequenz erfolgt keine Abstimmung zwischen der Unternehmens- und der SharePoint-Strategie, weshalb das Projekt nichts zur Erreichung der Unternehmensziele beitragen kann. Aufgrund des fehlenden Inputs der Fachbereiche können Arbeitsprozesse kaum sinnvoll unterstützt werden.
2. Ungesteuertes Wachstum von Collaboration-Sites
Die Vorteile des SharePoints in Bezug auf die Möglichkeiten als Plattform für Informationen und Zusammenarbeit ziehen es nach sich, dass viele Anwender sich ihre Anwendungen selbst konfigurieren. Dadurch entsteht ein Wildwuchs, der vom Management nicht zu kontrollieren ist. Die Navigation zu den Team-Sites ist in den meisten Fällen undurchsichtig oder existiert im schlimmsten Fall gar nicht. Diese Situation entsteht häufig aus der Annahme heraus, Social Computing und Collaboration machten eine Steuerung der Plattform überflüssig.
3. Publishing und Collaboration nicht sauber getrennt
Das Veröffentlichen von Informationen ("Publishing") und das Zusammenarbeiten im SharePoint ("Collaboration") sind grundsätzlich zwei verschiedene Dinge. Den Nutzern sollte ein einheitliches Arbeiten ermöglicht werden, ohne dabei die Trennung von Publishing und Collaboration zu vernachlässigen, da grundlegend unterschiedliche Informationscharakteristika zugrundeliegen. Weil SharePoint den Anwendern viele Möglichkeiten bietet, Informationen bereitzustellen, entstehen auf den Team-Sites unkontrolliert zahlreiche öffentliche Informationssammlungen. Durch die steigende Anzahl an "heimlichen Intranets" wird es für die Nutzer dann immer schwieriger, im SharePoint relevante Informationen zu recherchieren.