Mit dem Werkzeug hat Microsoft offenbar versucht, auch unerfahrene Anwender zu erreichen: Anstelle von Quell- und Zielverzeichnissen, die abgeglichen werden sollen, fragt der Konfigurationsdialog nach "Left Folder" und "Right Folder", wobei links die Quelle und rechts das Ziel ist. Es lassen sich mehrere Folder-Paare mit unterschiedlichen Optionen einrichten. Neben der bidirektionalen Synchronisation, bei der Veränderungen in Quell- und Zielverzeichnis zusammengeführt werden, beherrscht das Programm noch weitere Aktionen. Beispielsweise kann Synctoy im "Echo"-Modus Veränderungen im linken einfach in den rechten Ordner kopieren. In umgekehrter Richtung nennen die Entwickler diesen Vorgang "Subscribe". Eine sinnvolle Ergänzung ist die Möglichkeit, nur neu angelegte oder veränderte Objekte zu berücksichtigen, Löschvorgänge jedoch außen vor zu lassen.

Um zu vermeiden, dass nicht benötigte Daten synchronisiert werden, kann der Nutzer Masken mit Dateiextensionen anlegen. Auf diese Weise schränkt man ein, welche Files das Tool auf dem aktuellen Stand halten soll. Ein wichtiges, aber zeitraubendes Merkmal ist, aus dem Inhalt einer Datei einen Hash-Code zu errechnen. Diese Option, die standardmäßig deaktiviert ist, erlaubt es, Dateien als verschieden zu kennzeichnen, auch wenn sie den gleichen Dateinamen tragen. Allerdings benötigt der Abgleich zweier Verzeichnisse auf diese Art deutlich länger.